Zakład Immunologii Ewolucyjnej Instytutu Zoologii powstał w roku 1992 z inicjatywy Barbary Płytycz. Początkowo, z Zakładu Anatomii Porównawczej wyodrębniona została niezależna jednostka naukowo-dydaktyczna o randze pracowni (1989), a następnie Zakładu Immunologii Ewolucyjnej.

Prof. dr hab. Barbara Płytycz kierowała Zakładem od momentu jego powstania do roku 2011, a obecnie Zakład prowadzi prof. dr hab. Magdalena Chadzińska.